仮組みしてみたところ、さほどフォルム的に違いがありません。MPMがモノのモノを参考にしたのでしょうか？縮小のディフォルメとしてお互いの方向性が同じだったのでしょうか？
とりあえずMPMの方を1号機にモノの方を2号機に仕上げることにします。1号機はスミソニアンに展示されている最終仕様。2号機は白の耐熱塗料で塗られた増加タンクの抱えてるヤツで。黒と白でお互いの差がつけれるし、1号機の最終仕様は改造しがいがあります。胴体ちょん切ったり、主翼端にポッドがついていたりと。モノとMPMどちらも2号機改修仕様がキット化されていますから。
MPMの方のデカールは白塗装用のものも入っています。ラムジェット実験の下部垂直尾翼パーツも入っていますが、ラムジェットは入っていません。組み立て説明書にはちゃんと書かれているのですが。

スミソニアン仕様にするのはネットに資料が転がっていたからです。それもでっかい画像が。ポッドの形とかもわかりますし、期待の焼け具合もわかっていい感じだったので。翼端ポッドがついているX-15ってほとんど見たことないからいいでしょ？

X-15はその時々でマーキングが変わったり、いろんなモノがついたり消えたりで、いろんなバージョンを作ることが出来ます。どれを作るかは人それぞれ～。